Lorsqu'un utilisateur démarre Logeproj, il lui est demandé de sélectionner son nom d'utilisateur et de saisir son mot de passe. Cette authentification permet à Logeproj d'identifier l'utilisateur pour déterminer à quelles fonctionnalités il a accès et quel est son rôle au sein de chaque projet.
L'accès aux fonctionnalités est géré par l'intermédiaire des groupes tandis que le rôle des utilisateurs vis à vis de chaque projet est géré projet par projet dans le fenêtre de détail d'un projet (notions de responsable administratif et de chef de projet).
Si le mot de passe d'un utilisateur est jugé trop simple par Logeproj Web, celui-ci demandera à l'utilisateur d'en changer lorsqu'il se connecte à la version Web.